在少年三国志2的后期阶段，阵容搭配的核心在于平衡输出、防御和控制能力。马超作为输出核心的阵容表现突出，搭配千幻左慈、闭月貂蝉、耀武华雄以及陷阵高顺，能够形成兼具爆发力和控制效果的组合。马超的高额物理与法术伤害配合左慈和貂蝉的技能增伤，可快速秒杀敌方后排脆皮角色，而华雄和高顺则提供坚实的前排防御。这套阵容适合应对缺乏全体防御的对手，但需注意其续航能力较弱，需速战速决。
蜀国赤金阵容是另一种后期强势选择，以赤金赵云和赤金张飞为核心，搭配庞统等蜀国武将。赵云的高爆发伤害与张飞的反击输出相辅相成，庞统的回怒能力可频繁触发怒气技能，形成持续压制。该阵容依赖蜀国武将的羁绊效果提升整体实力，尤其擅长对抗高攻击频率或控制型阵容。其培养成本较高，需投入大量资源确保武将升星和装备强化。
灼烧队阵容以赤金周瑜和紫金鲁肃为核心，搭配赤金孙坚、孙鲁班及紫金太史慈。后期武将血量普遍较高，灼烧的百分比伤害能有效消耗对手，而孙坚和太史慈的斩杀能力可在半血以下时完成收割。周瑜和鲁肃还提供控制与治疗，增强队伍的持续作战能力。这套阵容适合持久战，但对灼烧抗性较高的敌人效果有限。
周泰消耗阵容以不屈周泰为核心，搭配耀武华雄、英风祝融等武将，主打防御与持续消耗。周泰的高防御和回复能力可吸收大量伤害，其他武将则通过挂载debuff和持续输出削弱对手。该阵容韧性极强，能有效克制低回复或伤害不足的队伍，但缺乏爆发力，可能被高输出阵容快速突破。
混搭阵容为玩家提供了更多灵活性，例如以吕布为核心的组合，搭配控制或辅助武将。吕布的单体爆发和眩晕效果在关键时刻可扭转战局，但需注意其培养难度较高。多元混搭需根据武将收集情况调整，优先考虑技能互补和羁绊加成，避免属性冲突。后期阵容的选择需结合实战需求，例如竞技场侧重爆发，而副本更需续航能力。
后期阵容的强度取决于武将培养深度和实战策略。玩家需根据对手特点灵活调整，例如针对高防御阵容增加穿透属性，或面对控制型队伍提升抗性。资源分配上建议优先培养核心武将，确保关键技能和装备的强化，再逐步完善整体阵容的平衡性。
