口袋妖怪究极绿宝石3三周目攻略的核心在于合理规划精灵培养、掌握关键剧情节点以及高效利用游戏机制。三周目相较于前两周目增加了更多高难度挑战和隐藏要素，例如神奥地区道馆强制50级对战、究极之洞神兽捕捉以及彩虹火箭队剧情。玩家需在进入三周目前确保主力精灵达到100级并完成个体值、努力值优化，同时准备风妖精（携带红牌）、伊布（伊布Z）和钢铠鸦（剩饭）等战术型精灵应对道馆战。
三周目开启后需优先完成对战开拓区任务，获得银象征后与亚希达对话取得世界锦标赛传票。推荐挑战对战工厂获取苍响或盖欧卡等强力精灵。击败真司后触发瓦吉的创世神碎片剧情，获得神奥船票。前往水静市乘船进入神奥地区时需注意，该区域禁止飞行，建议让沙奈朵学习瞬间移动技能以便快速返回丰缘地区。神奥道馆采用6选3机制且强制等级平衡，对手会根据玩家阵容自动选择克制属性，因此需通过风妖精开顺风、伊布Z珍藏接棒钢铠鸦的连锁战术突破。
神兽收集环节需利用自制的究极洞传送装置，在百花林可捕获谢米，天冠山雪原区域能收服伽勒尔形态三圣鸟。捕捉三圣柱需特定条件：将吼鲸王置于队首、古空棘鱼放在队尾，携带会挖洞的精灵前往暮水镇左侧潜水点，通过解读盲文并绕墙行走开启隐藏洞穴。雷吉洛克需碎岩开启洞口，雷吉艾斯需绕墙一圈，雷吉斯奇鲁需在遗迹中使用闪光技能。
后期重点在于彩虹火箭队歼灭战，需在究极空间塔顶连续对抗琴音和金的双人对战。琴音阵容包括大竺葵、麒麟奇等精灵，而金会使用70级的凤凰与洛奇亚。最终在洞穴深处需与两名BOSS级角色进行三对三车轮战，建议携带克制恶系与龙系的精灵如玛机雅娜和铁火辉夜。战斗胜利后可在水静市旅馆领取美录坦奖励。
技能补充方面，荒芜小道的大叔能用红色碎片教授特殊技能，苑之镇右侧可获取双翼技能，212号道路沼泽地藏有爬击技能机。剧毒石板与龙之石板分别位于212号道路和神和镇，后者还能学习流星群招式。完成全部三周目内容后，玩家可解锁隐藏的究极联盟挑战，该模式禁用回复道具且对手全员携带气腰特性，需依赖精准的属性克制与状态干扰取胜。
