红蓝宝石的获取是三周目剧情的关键环节。首先需要将图鉴升级至386版，随后通过坐船前往火焰山，进入右侧山洞使用怪力技能推动岩石获取红宝石。将红宝石交给博士后可获得船票，解锁前往七岛的权限。蓝宝石则需在6号岛通过特定剧情获取，最终上交博士用于修复机器。
红宝石的具体获取路径为：升级图鉴后从港口乘船抵达火焰山区域，山洞内存在需要怪力技能移动的障碍物，清除后即可在深处找到红宝石。该道具不仅是推进剧情的必需品，还能解锁新的探索区域。火焰山区域会出现火箭队成员阻挠，需做好对战准备。获取后返回真新镇实验室交付道具，系统会开放岛屿间的通航许可。
蓝宝石的获取流程更为复杂，需要先完成4号岛冰洞挑战。在6号岛南侧使用居合斩打开通道，进入后按特定顺序通过洞穴陷阱：上、左、右、下。最终在底层触发剧情夺取蓝宝石时，会遭遇抢夺事件，需击败对手夺回道具。该区域存在迷宫结构，建议提前准备解除混乱状态的药品。蓝宝石与红宝石共同构成通信系统的修复材料，交付后可与宝石版进行联动。
两枚宝石的获取过程均涉及多项隐藏机制。红宝石关联着三周目初期岛屿解锁，蓝宝石则与后期通信功能开放直接相关。建议队伍中配备掌握冲浪、怪力、居合斩等秘传技能的宝可梦以应对地形障碍。部分区域需要特定天气条件或时间设定才能进入，需提前查阅游戏内提示。完成全部宝石收集后，可激活包括训练师之塔、神兽捕捉等终局内容。
整个收集过程平均需要8-10小时游戏时长，其中迷宫解谜和NPC对战是主要耗时环节。系统会通过博士助手提供阶段性指引，但部分隐藏路径仍需自行探索。6号岛蓝宝石迷宫存在五个隐藏道具，全部收集可触发额外剧情。最终宝石交付时，游戏会同步解锁全图鉴追踪功能，便于查漏补缺完成收集目标。
