迷宫路线的选择直接影响神兽捕捉效率和道具获取。针对月见山、西鲁夫大厦、彩虹市游戏厅地下室等关键迷宫，需根据地形机制和机关特点规划最优路径。月见山需优先获取化石和技能机，路线应覆盖所有隐藏道具点；西鲁夫大厦采用电梯与传送点组合可快速抵达顶层；彩虹市地下室需按特定顺序调查垃圾桶触发机关。
月见山作为早期迷宫，路线设计需兼顾战斗与资源收集。入口右侧通道可避开部分训练家，直通深处化石二选一区域，左侧化石头盔和右侧菊石兽需根据队伍需求决定。推石机关遵循上→右→下→左顺序可解锁隐藏区域，沿途技能09（地震）和技能46（小偷）必须获取。迷宫内超音蝠出现率高，建议携带解毒药或具备催眠技能的宝可梦以节省资源。
西鲁夫大厦的11层迷宫需利用电梯钥匙和传送点联动。从5层传送点触发红色路线取得钥匙后，返回电梯直达11层击败火箭队首领。蓝色路线为最短战斗路径，途中避开7层的非必要对战可节省时间。迷宫内隐藏的升级糖和大师球为关键目标，需在B4层击败看守者后获取。该路线对队伍等级要求较高，建议主力宝可梦达到35级以上。
彩虹市游戏厅地下室采用固定机关机制。调查海报后进入B1层，按上下左右顺序触发两个垃圾桶机关可开启隐藏通道。B2层迷宫需沿右墙直走避开岔路，B3层取得电梯钥匙后返回B1层可解锁B4层首领战。该迷宫道具分布密集，超高药水和技能机28（挖洞）需优先拾取。火箭队成员配置以毒系为主，携带超能系或地面系宝可梦可显著降低难度。
后期七岛的水之迷宫需结合冲浪与推石机制。第五岛仓库密码获取路线为右→下→右→上→下，第六岛回忆之塔需按上→左→右→下顺序通过变化洞窟。蓝宝石被抢夺后需在火箭队仓库输入双段密码，迷宫内赫拉克罗斯为稀有遭遇，建议预留高级球。华蓝洞窟的冰系神兽区域需用怪力调整石块位置，直通路径可避免重复战斗。
迷宫攻略的核心在于平衡效率与资源消耗。时间球在30回合后捕捉率超越高级球，适合神兽战；急冻鸟与火焰鸟场景需分别携带水系和岩石系宝可梦应对属性克制。路线选择应优先考虑机关解谜顺序，其次处理隐藏道具和训练家对战，最终实现全要素收集与最低消耗通关。
