海底宫殿的入口通常隐藏在水下特定区域，玩家需要完成一系列解谜或任务才能解锁。以埃尔顿海沟水下宫殿为例，首先需要前往该区域，并在内部找到芒性能量块。获取后，使用普通攻击锁定右侧机关使其变色，这是激活入口的第一步。玩家需前往右侧最高处的绿色物体上获取蓝球（荒性能量块），收集完成后即可继续深入。用同样的方式锁定左侧机关变色，宫殿入口便会解锁。完成解密后，玩家还能获得珍贵宝箱和水神瞳作为奖励。
另一种常见的水下宫殿位于枫丹区域，解锁方法略有不同。玩家需先在地图上找到红圈标记的宫殿位置，随后前往左侧蓝水晶处，长按普通攻击瞄准使其变色。返回宫殿上方对螃蟹使用技能获取护盾，再堵住右侧的水流。这一系列操作完成后，与宫殿内的机关交互即可解锁入口。枫丹水下宫殿的解密同样会奖励珍贵宝箱和水神瞳，但需注意护盾的持续时间和水流堵截的时机。
珊瑚宫区域的水下宫殿入口则需要通过任务引导进入。玩家需传送至珊瑚宫中间的锚点，沿楼梯左转后，在宫殿角落找到巫女露子。与她对话后，任务会指引玩家前往水下宫殿的入口。该区域的解谜通常涉及能量块收集和机关互动，但需优先完成前置剧情任务。珊瑚宫的水下宫殿入口附近常有隐藏路径，需仔细观察环境中的线索。
对于技术型玩家，部分海底宫殿可通过特殊方式直接进入。例如利用浪船卡入海底：驾驶浪船至目标海域后跳出船外，立即点击下落攻击即可穿透水面。该方法适用于快速到达未解锁的水下区域，但可能无法触发正常解密流程的奖励。另一种方式是在特定地形（如璃月港的木板缝隙）下落，角色会直接沉入海底。这些非正规途径虽能节省时间，但可能影响后续任务触发，需谨慎使用。
海底宫殿的探索往往伴随环境机制挑战。例如稻妻荒海区域的水下宫殿会持续对角色造成伤害，建议携带治疗型角色如芭芭拉或心海。部分宫殿入口需要调整游戏内时间至特定时段（如傍晚）才能显现粉色雾气等视觉提示。若解密过程中遇到机关失效，可尝试重新加载地图或检查能量块是否遗漏。官方偶尔会修复非常规进入方式，建议优先选择任务引导的正规路径。
