隐藏动物的设定是玩家探索的核心乐趣之一。根据多方攻略汇总，目前已确认的隐藏动物超过20种，它们分散在稀树草原、丛林、极地等九张地图中，每种都需要特定条件触发。例如暗黑野牛需骑乘同一只野牛行进800米，而特洛伊斑马则要求连续换乘草原7种不同动物。这些隐藏动物不仅外观独特，部分还具备特殊技能，如摇钱牛能提供双倍金币收益，银河长颈鹿则需利用狮子捕食机制才能现身。
隐藏动物的获取机制分为三类：距离累积型、行为触发型和任务关联型。距离累积型如鸭嘴河马需骑同一只河马跑1600米；行为触发型包括油炸狮（狮子连续吃30只动物）和三嘴鸟（巨嘴鸟跳跃100米后换乘）；任务关联型则依赖随机BOSS任务，如骷髅象和鸵鸟老板。极地区域的隐藏动物如仙女企鹅需连续换乘8种不同动物（7种极地动物+1种外来动物），而奥林匹斯山的迷宫牛头人需用凤凰撞击两只牛头人才能解锁。
部分隐藏动物的设计灵感源自现实文化或经典形象。资本鹰的原型是山姆大叔，马歇犀牛致敬默剧大师马歇·马叟的经典小丑扮相，哥斯拉新娘则是将鳄鱼与日本怪兽文化结合的创意产物。这些设计增加了收集的趣味性，但同时也提高了难度。例如蛟龙需要骑乘猴子跨越12-13个障碍且不能复活，被公认为当前版本最难获取的隐藏动物。
对于想要全收集的玩家，建议优先升级动物栖息地等级以延长狂暴时间，并关注季节性活动。农历新年、万圣节等特殊时段会推出限定隐藏动物，如龙年更新的节日巨龙。每日挑战和社区互助能有效补充资源。部分动物如幽灵企鹅仅在冬季（12-2月）出现，而神秘海豚的触发时间限定在晚8点至凌晨4点，合理规划游戏时间至关重要。
当前版本中，隐藏动物的总数量仍在随更新增加。开发者通过定期推出新地图如神秘失落大陆扩展内容，雪地草原的8种史前动物便是近期新增的收集目标。虽然完整攻略需要反复尝试和资源积累，但正是这种循序渐进的探索过程，构成了疯狂动物园持久的吸引力。
