技能学习是培养强大队伍的核心要素。游戏中的技能分为升级自学、技能机器教学、定点教学和特殊事件获取四种主要途径。升级自学是最基础的方式，每只口袋妖怪在达到特定等级时会自动领悟技能，例如快龙在100级时可学会怒火、羽击、石光线和电磁波等技能。技能机器则提供更灵活的技能配置方案，全游戏共有50种技能机器，涵盖不同属性和功能，如技能机器01气合拳可在115号道路的流星瀑布入口附近沙滩获取。定点教学通常由特定NPC传授，例如月见山出口处的格斗家会教授百万吨拳击或百万吨飞腿。特殊事件获取包括剧情奖励或隐藏道具，如帮助正辉恢复人形后可获得船票，后续在圣安奴号上能学到重要技能。
口袋妖怪火红版中存在多种特殊技能类型，这些技能往往具有独特效果。变身技能可以复制对手的形态与技能，在对战中能实现战术反转。愿望是延迟回复技能，能在下回合为使用者恢复大量HP。心灵互换可以交换双方特性，改变战场局势。神速作为先制技能，能保证使用者在绝大多数情况下先手攻击。拍击虽然威力普通，但PP值消耗低，适合持久战。这些特殊技能的获取方式各异，部分需要通过特定剧情触发，如冰冻鸟相关任务线最终会教授强力的冰系技能。技能之间的搭配也值得注意，合理的组合能发挥出超越单个技能的效果。
技能属性相克关系是技能选择的重要考量因素。火红版延续了系列经典的属性克制系统，火系克制草系、水系克制火系、电系克制水系等基础规则需要熟练掌握。部分技能具有双重属性特性，如飞空术既是飞行系技能也可用于地图移动。技能威力与命中率的平衡也需要权衡，高威力技能往往伴随较低命中率或负面效果。状态类技能如剧毒和电磁波虽然不造成直接伤害，但能通过异常状态削弱对手。恢复类技能包括自我再生、生蛋、月光等，不同口袋妖怪能学习的恢复技能存在差异，如3D龙20级可自学自我再生。
七岛剧情线是获取高级技能的关键，在完成库林岛道馆挑战后，与马莎奇对话可前往1号岛，在温泉处找老爷爷学习碎石术。彩虹市的游戏中心能用代币兑换特殊技能教学，如3D龙的技能组合。隐藏洞穴如月见山深处藏有技能机器和化石道具，选择不同化石会影响后续可学习的技能类型。通信进化是获取某些技能的唯一途径，但火红版因缺乏时间系统导致部分进化形态无法获得。二周目开启后，敌人的技能组合会显著增强，需要针对性调整队伍技能配置。通过系统性地收集和搭配技能，玩家可以打造出适应各种战况的多功能队伍。
技能遗忘与重新学习机制为玩家提供了调整空间。在特定城市如彩虹市的技能回忆师处，可以使用心之鳞片让口袋妖怪重新学习曾经遗忘的升级技能。技能机器一旦使用就会消耗，但重要技能机器如冲浪和飞空术可以通过剧情重复获取。部分技能如闪光和居合斩在通关后使用频率会降低，可以考虑替换为更实用的战斗技能。技能PP值管理也需要注意，高PP技能适合长时间探索，而低PP高威力技能更适合关键战斗。随着游戏进程推进，原先有效的技能组合可能需要根据新遇到的敌人类型进行调整，保持技能配置的灵活性是持续通关的保障。
